Als Antwort auf vorwiegend liberale Tendenzen in Theologie und Kirche trafen sich um 1850 eine handvoll Menschen in Aarau zu einem eigenen Gottesdienst und zum Studium der Bibel. Unterstützt wurden sie dabei vom „Missionshaus der Herrenhuter Brüdergemeinde“ in Basel. 1865 entstand daraus eine Kirche unter dem Namen „Evangelischer Verein". 1867 kam es zur Anstellung des ersten Pfarrers. 1874 erhielt die Gemeinde ihr eigenes Kirchengebäude an der Bahnhofstrasse 30, das im Laufe der Jahrzehnte mehrmals umgebaut und renoviert wurde. Heute gehören zur Minoritätsgemeinde knapp 400 Gottesdienstbesucher jeden Alters.

Die Minoritätsgemeinde wirkte bei der Gründung verschiedener sozialer und diakonische Werke mit: Diakonissenstation, Blaukreuzverein, CVJM Aarau, Heimgarten Aarau (Haus für Frauen), Mädchenheim (heute Männerheim) Obstgarten Rombach, Schweizerische Evangelische Bibelschule (heute Theologisch-Diakonisches Seminar Aarau), Stiftung Wendepunkt Muhen.